스타트업을 운영하다가 사업 방향이 바뀌거나, 공동창업자와 결별하거나, 회사를 인수·합병하는 상황이 생기면 특허권을 누군가에게 넘겨야 할 일이 생깁니다.
그런데 막상 진행하려고 하면 생각보다 따져볼 것이 많습니다.
계약서에 서명하고 돈을 주고받으면 끝날 것 같지만, 특허청에 등록하지 않은 양도는 제3자에게 대항력이 없습니다.
다시 말해, 같은 특허를 두 번 팔아도 먼저 이전 등록을 마친 쪽이 권리자가 됩니다.
또 특허권만 넘기고 실시권 계약을 정리하지 않으면, 양도 후에도 기존 실시권자가 계속 기술을 사용할 수 있는 상황이 유지되기도 합니다.
양도인 입장에서는 팔았다고 생각했는데 분쟁이 남고, 양수인 입장에서는 샀는데 온전히 쓰지 못하는 케이스가 실무에서 적지 않게 발생합니다.
특허를 공동으로 보유하고 있을 때도 마찬가지인데요, 공유 특허는 공유자 전원의 동의 없이는 지분을 제3자에게 양도할 수 없다는 원칙이 있습니다.
이처럼 권리 이전은 준비 없이 진행하면 법적·세무적 리스크가 동시에 발생할 수 있는 영역입니다.
이번 글에서는 특허권양도를 결정하기 전에 반드시 확인해야 할 4가지 기준과, 실제 등록 절차에서 자주 막히는 지점을 단계별로 살펴보겠습니다.
💡 핵심 요약
특허권양도란 특허권자가 등록된 특허에 관한 권리를 타인에게 이전하는 계약 행위로, 계약만으로는 효력이 완성되지 않고 특허청에 이전 등록을 해야 제3자에 대한 대항력이 생깁니다.
양도 전에는 ① 등록 여부·권리 상태, ② 실시권 등 부담 여부, ③ 공유 여부, ④ 세금·회계 처리 방식을 순서대로 점검해야 분쟁 없이 마무리할 수 있습니다.
📑 목차
· 1. 특허권양도, 계약서 작성만으로 끝나지 않습니다
· 2. 양도 전 권리 범위를 먼저 확인해야 하는 이유는?
· 3. 특허권양도 등록 절차와 실무에서 자주 막히는 지점
특허권양도는 민법상 계약 자유 원칙에 따라 당사자 간 합의만으로 성립합니다.
그런데 특허법은 여기에 한 가지를 더 요구합니다.
이전 등록, 즉 특허청에 양수인 명의로 권리 변동을 신고해야만 제3자에게 대항할 수 있습니다.
등록 전에는 매매 계약서가 있어도, 이를 모르는 선의의 제3자가 동일 특허에 대해 별도 이전 등록을 마치면 그쪽이 적법한 권리자가 될 수 있습니다.
그래서 양도 계약이 체결되었다면 가능한 한 빠르게 특허청에 이전 등록 절차를 밟는 것이 중요합니다.
이전 등록 신청은 특허청 특허로 시스템을 통해 온라인으로 가능하고, 양도인과 양수인이 공동으로 신청하거나 양수인이 단독으로 신청할 수 있습니다.
필요 서류는 통상 양도증서(또는 양도계약서), 위임장(대리인 이용 시), 법인 등기사항전부증명서(법인인 경우) 정도이고, 2026년 기준 관납료는 특허 1건당 수만 원 수준입니다.
다만 특허출원 중인 건, 즉 아직 등록이 나지 않은 상태의 권리도 양도가 가능합니다.
출원인 명의를 이전하는 절차인데, 이 경우에도 특허청에 출원인 변경 신고를 반드시 해야 합니다.
결국 계약서는 양도 의사를 확인하는 내부 문서일 뿐, 특허청 등록이 완료되어야 법적으로 완성됩니다.
양도 대상이 되는 특허가 현재 어떤 상태인지, 어떤 부담이 얹혀 있는지 확인하는 것이 실무에서 가장 중요한 첫 번째 작업입니다.
특허검색서비스(키프리스, kipris.or.kr)에서 특허 번호로 조회하면 현재 권리 상태, 존속 기간, 연차료 납부 여부, 등록 원부 등을 확인할 수 있습니다.
연차료가 미납된 경우 권리가 소멸 처리될 수 있기 때문에, 양수인 입장에서는 반드시 확인하고 들어가야 합니다.
다음으로 확인할 것은 전용실시권이나 통상실시권이 설정되어 있는지 여부입니다.
공유 특허의 경우 앞서 언급했듯이 공유자 전원의 동의가 필요하므로, 지분 구성 역시 등록 원부를 통해 먼저 파악해야 합니다.
청구항 범위도 중요합니다.
핵심은 명세서가 아니라 청구항인데요, 양수인이 막연하게 '기술 전체를 산다'고 생각했다가, 실제 등록된 청구항의 권리 범위가 협소해서 경쟁사를 막는 데 실질적인 효력이 없는 경우가 있습니다.
비슷한 상황이라면 이 단계에서 전문가 확인을 한 번 거치는 것이 시행착오를 줄입니다.
상표검색을 통해 연관 상표권의 소유 관계를 함께 확인해 두면, 브랜드 자산 이전 협의 시에도 도움이 됩니다.
권리 상태 확인이 끝났다면 이제 실제 이전 등록 절차를 밟아야 합니다.
절차 자체는 비교적 단순하지만, 서류 준비와 세금 처리 단계에서 실무 질문이 많이 나옵니다.
| 단계 | 내용 | 비고 |
|---|---|---|
| ① 양도 계약 체결 | 양도 범위·대가·특약 등 명시 | 계약서 원본 보관 |
| ② 양도증서 작성 | 특허 번호, 양도인·양수인 인적사항 기재 | 공증 불필요, 서명 또는 날인 |
| ③ 이전 등록 신청 | 특허로 온라인 접수 또는 방문 제출 | 관납료 납부 필요 |
| ④ 세금 신고 | 양도소득세 또는 법인세 처리 | 개인·법인 여부에 따라 다름 |
| ⑤ 등록 완료 확인 | 특허검색서비스로 명의 변경 확인 | 통상 수일~수주 소요 |
세금 처리 부분이 실무에서 가장 많은 질문을 받는 지점입니다.
개인이 권리를 양도하면 기타소득 또는 양도소득으로 분류되어 과세 대상이 될 수 있습니다.
법인이 보유한 특허를 양도하는 경우에는 법인세 처리를 해야 하며, 특수관계자 간 거래라면 적정 시가를 산정해야 하는 이슈도 있습니다.
특허 가치 평가를 거쳐 양도 대가를 정하는 방식이 활용되기도 합니다.
무상으로 권리를 이전하는 경우(예: 연구소→자회사)에도 증여세나 부당행위계산 부인 문제가 발생할 수 있어서, 사전에 세무사와 협의해 두는 것이 좋습니다.
또 하나 자주 놓치는 부분은 연관된 특허출원 건의 처리입니다.
등록 특허만 양도하고 같은 기술 계열로 진행 중인 출원 건들을 그대로 양도인 명의로 놔두면, 이후 분쟁이 생길 여지가 있습니다.
양도 계약서 작성 시에는 등록 특허와 출원 중인 건을 함께 목록화해서 명시해 두는 것이 나중에 분쟁을 예방하는 방법입니다.
특허청 이전 등록 신청 자체는 당사자가 직접 할 수 있습니다. 다만 권리 범위 검토, 실시권·질권 확인, 세금 처리까지 함께 챙기려면 변리사·세무사와의 협업이 실수를 줄이는 데 유리합니다. 특히 거래 금액이 크거나 특수관계자 간 거래라면 전문가 검토를 권장합니다.
특허권양도는 권리 자체를 이전해 양도인은 더 이상 권리자가 아니게 됩니다. 전용실시권은 권리자는 그대로 두고 독점적인 실시 권한만 부여하는 방식으로, 기술을 공유하면서도 일정 수익을 얻으려는 경우에 선택합니다. 어느 방식이 유리한지는 사업 목적과 세금 구조에 따라 달라집니다.
가능합니다. 특허출원 중인 건은 출원인 명의 변경 신고를 통해 이전할 수 있습니다. 이후 특허청의 심사 결과에 따른 권리·의무는 모두 변경된 출원인(양수인)에게 귀속됩니다. 다만 심사 중인 의견 제출이나 보정 대응까지 고려해 타이밍을 조율하는 것이 좋습니다.
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특허권양도는 계약서 작성, 이전 등록, 세금 처리, 연관 출원 정리까지 네 가지를 함께 챙겨야 완성됩니다.
이전 등록을 미루면 제3자 대항력이 없어지고, 실시권 확인을 놓치면 양도 후에도 분쟁이 남습니다.
공유 특허라면 공유자 동의 확보가 선행되어야 하고, 무상 양도라도 세무 검토는 빠뜨리면 안 됩니다.
2026년 기준으로 특허청 절차 자체의 문턱은 낮아졌지만, 사전 점검 없이 진행했다가 나중에 수습하는 비용이 더 큰 경우가 많습니다.
양도를 결정했다면 특허검색서비스로 등록 원부를 먼저 조회하고, 청구항 범위와 실시권 설정 여부를 확인하는 것을 출발점으로 삼아 보세요.
각 상황의 세부 조건은 특허마다 다를 수 있으므로, 구체적인 내용은 전문가와 한 번 정리해 두는 것이 가장 확실합니다.
상담이 필요하시다면 대표번호 1668-3452로 편하게 문의해 주세요.
글 · 특허법인 테헤란 김신연 변리사 | 2026년 8월 작성
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